海南州食品药品监督管理局原为药品监督管理局，组建于2002年6月，2005年9月，更名为食品药品监督管理局。2010年机构改革中，食品药品监督管理部门取消省以下垂直管理，改为属地管理。州局作为州政府工作部门单独设置，内设立三个科室，设综合科（药品不良反应监测办公室），药品医疗器械安全监管科（稽查科）和食品安全监管科，编制共9名（其中工勤1名），承担全州药品、医疗器械，餐饮服务食品安全和保健食品、化妆品安全的监管工作。州局下属海南州药品检验所成立于1985年7月，2010年12月更名为海南州食品药品检验所，编制12名，为海南州唯一法定的食品药品检验机构。